Spółka posiada dwie bazy magazynowo-przeładunkowe zlokalizowane w portach w Szczecinie i Świnoujściu o łącznej pojemności ponad 168 tysięcy metrów sześciennych.
Baltchem magazynuje i przeładowuje płynne substancje chemiczne i petrochemiczne, takie jak: benzyna, olej napędowy czy etanol.